2016年4月，经中共上海交通大学党委研究决定，建立中共上海交大-巴黎高科卓越工程师学院总支部委员会。

上海交通大学巴黎卓越工程师学院党总支分设教工党支部、研究生党支部和本科生党支部，充分发挥党组织的战斗堡垒作用，进一步健全定期组织生活等制度，加强党的理论知识学习，提高师生思想政治素质，增强基层党组织的凝聚力、战斗力和创造力，为学院的持续发展提供强有力的政治、思想和组织保障。