巴黎卓越工程师学院工会原为巴黎卓越工程师学院、致远学院和自然科学研究院三院联合工会。学院工会成立以来深入贯彻落实上级党组织和工会的相关政策，切实履行参与、维护、建设、教育四项基本职能，把竭诚为教职工服务作为工会一切工作的出发点和落脚点，全心全意为广大教职工服务。

随着学院的发展，2020年7月巴黎卓越工程师学院工会正式成立为校二级工会组织并选举产生了第一届工会委员会。截至2021年10月，工会会员数达到37人。工会积极推进“双代会”各项工作要求，更方便和灵活地开展了针对教职工需求的丰富多彩的活动。学院建立了“妈咪小屋”，岁末年初举办“茶饮话养身”、三八妇女节举办“花语心愿”活动，并第一次独立组队方阵亮相上海交通大学秋季校运会。为庆祝中国共产党成立100周年，学院工会与外国语学院、密西根学院、档案文博管理中心联合承办的校工会思想引领重点项目“学四史颂经典——庆祝建党一百周年百人多语讲诵汇演”成功举办。